Funcţia glandei pineale este puţin cunoscută, în sprijinul rolului său endocrin pledează atât structura asemănătoare altor glande endocrine, cât şi legăturile sale nervoase. Cercetările şcolii româneşti de endocrinologie (academician C. I. Parhon, academician Şt. Milcu şi colaboratorii) au dovedit că epifiza are un rol endocrin şi că intervine într-o serie de procese metabolice ale organismului.
În structura sa se disting cordoane celulare nevroglice (pinealocite), cu proprietate secretoare şi elemente nervoase (celule şi prelungiri), înconjurate de o bogată reţea vasculară şi cu numeroase fibre simpatice. Deşi cunoştinţele despre hormonii epifizari sunt încă incomplete, se conturează totuşi câteva funcţii asupra hormonilor epifizari. Este identificat un hormon, melatonina (derivat al serotoninei), cu acţiune frenatoare asupra gonadelor.
Un alt hormon de natură polipeptidică, vasotocina, a fost izolat din epifiză de un grup de cercetători români (Milcu, Neacşu, Pavel) căruia i se atribuie o puternică acţiune antigonadotropă, în special antiLH. Extractele de epifiză au şi efecte metabolice, atât în metabolismul lipidic, protidic şi glucidic, cât şi în cel mineral.
Epifiza are strânse legături cu retina. Stimulii lumonişi produc prin intermediul nervilor simpatici o reducere a secreţiei de melatonină. La întuneric, secreţia de melatonină creşte inhibând funcţia gonadelor.
